La iglesia de San Juan Bautista es un templo de gran valor histórico para Málaga, fue uno de los cuatro que fundaron los Reyes Católicos después de la reconquista de Málaga. En 1992 fue declarado Bien de Interés Cultural y patrimonio histórico de Andalucía, está ubicado en una zona populosa donde se sentaron antiguos arrabales de la ciudad islámica, es una iglesia que se diseñó siguiendo el estilo gótico típico de la época, combinados con el mudéjar y arcos apuntados sobre pilares. Su fachada es policromada y tenía una torre del siglo XVI que perdió con el terremoto del siglo XVII.
En 1154, la nave mayor fue derribada para prolongar la altura de la iglesia, también se construyó la nave colateral con la capilla mayor. Después del terremoto de 1680 la iglesia de San Juan Bautista fue reconstruida restaurandose en estilo barroco. La actual torre – pórtico fue reedificada en el siglo XVIII, presenta tres cuerpos divididos por pilastras planas y sesgadas en ángulo. Presenta un arco de medio punto con clave amensulada y puntas de diamantes en las juntas que da acceso a la nave lateral derecha.
En el interior de la iglesia hay una hermosa cúpula de estilo barroco, sus laterales tienen capillas que albergan fascinantes imágenes, que procesionan en la famosa semana santa malagueña. Es sede canónica de la Cofradía de Lagrimas y Favores. Allí se fundó la hermandad de la Paloma.
La iglesia de San Juan Bautista era dueña de un valioso patrimonio religioso, gran parte lo perdió durante la quema de conventos y el incendio de 1980. Des sus imágenes se destacan; la virgen de los Dolores del siglo XVIII, el Cristo de Ánimas y Ciegos y el Cristo de la Vera Cruz de estilo gótico del siglo XVI. Este último es el más antiguo de la semana santa de Málaga, se ubica en el hermoso retablo del altar mayor compartiendo espacio con la imagen de san Juan Bautista.