El Colegio Salesiano San Bartolomé de Málaga ha venido educando a miles de malagueños desde 1894, a la par también fueron propagando la devoción por la virgen de Don Bosco en la capilla del centro educativo, este establecimiento es el actual Santuario de María Auxiliadora y sede canónica de la Hermandad de los Salesianos.
La primitiva capilla del colegio veneraba una imagen de la virgen que fue coronada canónicamente en 1907, siendo la primera María Auxiliadora de España y la cuarta del mundo en recibir el honor. Durante los desmanes de la Guerra Civil fue destruida salvándose sólo las coronas que fueron guardadas a tiempo. La actual talla corresponde a una que fue encargada en 1938, está condecorada con la medalla de Málaga impuesta por el alcalde.
La capilla fue ampliada y recibió la bendición el 7 de diciembre de 1972, en 1982 fue declarado como Santuario de María Auxiliadora por el Obispo de la Diócesis, Monseñor Buxarrais. La moderna estructura que hace parte de las estancias del Colegio Salesiano en el barrio de Capuchinos, depende de la demarcación parroquial de la Divina Pastora.
El santuario tiene una nave con capacidad para 750 personas, y otras 300 en la parte del coro, debajo funciona un amplio salón de actos.
En el pasillo de entrada al Santuario de María Auxiliadora hay dos mosaicos, uno de ellos conmemora el primer centenario de la coronación canónica de la virgen. El otro representa al crucificado del Santo Cristo de la Penas.